O Hospital mantém convênios com várias universidades, como: Unesc, Unisul, Unipel, Ubra, Esucri, UFSC, entre outras. Passam por nossa Instituição, em média, 2 mil estagiários por ano. Por conta desse envolvimento na formação destes profissionais, o HSJosé recebeu, em novembro de 2007, o reconhecimento do Ministério da Educação, como Hospital de Ensino.